疏：「今於能作因中辨持種」者。持種因義，六因疏：「今於能作因中辨持種」者。持種因義，六因之中能作因攝，能作寬故。之中能作因攝，能作寬故。
疏：「又亦為清淨種」者。此識能為清淨種依，疏：「又亦為清淨種」者。此識能為清淨種依，名清淨種。名清淨種。
疏：「以自證分但有三義」者。因、果、體三，名為疏：「以自證分但有三義」者。因、果、體三，名為三義。三義。
論：「一切種相應更分別」者。問：異熟習氣為因論：「一切種相應更分別」者。問：異熟習氣為因相不？若是，如何說生自果？不是，如何果名相不？
若是，如何說生自果？不是，如何果名異熟？答：傳有二釋，一云因相，論舉親生異熟？
答：傳有二釋，一云因相，論舉親生影顯業種；二云但取等流習氣。故今此云影顯業種；二云但取等流習氣。
故今此云親生自果，異熟因果依別義說。詳曰：觀親生自果，異熟因果依別義說。詳曰：觀論之意，後釋為勝，尋論可悉。論之意，後釋為勝，尋論可悉。
論：「體用因果理應爾」者。《攝論》唯望體用明論：「體用因果理應爾」者。《攝論》唯望體用明之，《瑜伽》但據因果以辨，此論兼之。《攝論》之，《瑜伽》但據因果以辨，此論兼之。
《攝論》本云：何賴耶識中諸雜染品法種子，為別本云：何賴耶識中諸雜染品法種子，為別異住？為無別異？非彼種子有別實物於此異住？為無別異？
非彼種子有別實物於此中住，亦非不異。無性論第二釋云：一切中住，亦非不異。無性論第二釋云：一切種子是阿賴耶功能差別；如法作用與諸法種子是阿賴耶功能差別；
如法作用與諸法體，非一非異，此亦復爾。《瑜伽》五十二云：體，非一非異，此亦復爾。《瑜伽》五十二云：種子云何非析諸行別有實物名為種子，種子云何非析諸行別有實物名為種子，亦非餘處。然即諸行如是種姓、如是等生、亦非餘處。
然即諸行如是種姓、如是等生、如是安布名為種子，亦名為果，果與種子如是安布名為種子，亦名為果，果與種子不相雜亂。若望過去諸行，即此名果；若望不相雜亂。若望過去諸行，即此名果；
若望未來諸行，即此名種子。望彼諸法不可定未來諸行，即此名種子。望彼諸法不可定說異、不異相，猶如真如。說異、不異相，猶如真如。
疏：「此即諦唯」者。唯在俗諦名之為唯，不疏：「此即諦唯」者。唯在俗諦名之為唯，不望假實名為唯也。望假實名為唯也。
疏：「此是實唯」者。唯在俗諦種可言實，勝義疏：「此是實唯」者。唯在俗諦種可言實，勝義即非。即非。
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