文為二：一生疑之由、二正疑念。初明由者，由文為二：一生疑之由、二正疑念。初明由者，由承佛威神故生疑也。如來神力加被身子者，承佛威神故生疑也。
如來神力加被身子者，此經雖對小明大，身子既小乘中智慧第一，此經雖對小明大，身子既小乘中智慧第一，為諸聲聞之所揖敬，忽懷疑念，即諸聲聞咸共為諸聲聞之所揖敬，忽懷疑念，即諸聲聞咸共生疑：大乘方等有不思議祕密之事，即是穢生疑：大乘方等有不思議祕密之事，即是穢國有淨土也。身子未能稱機疑問，必假佛力國有淨土也。身子未能稱機疑問，必假佛力方會物心，故云承佛威神也。依《法華》意，發本方會物心，故云承佛威神也。
依《法華》意，發本顯迹，明諸聲聞內祕外現，何容不能稱物之顯迹，明諸聲聞內祕外現，何容不能稱物之機而生疑也？「作是至若此」，二、正明疑念者，疑機而生疑也？「作是至若此」，二、正明疑念者，疑佛答寶積心淨土淨，執昔三藏，故生疑也。菩佛答寶積心淨土淨，執昔三藏，故生疑也。
菩薩三祇修行成佛是同，何得今說菩薩心淨薩三祇修行成佛是同，何得今說菩薩心淨即佛土淨？釋迦獨無淨土，應是為菩薩時心即佛土淨？釋迦獨無淨土，應是為菩薩時心不清淨。若不清淨，何得成佛？若心淨成佛者，不清淨。
若不清淨，何得成佛？若心淨成佛者，亦應心淨佛土淨也，何得佛土穢惡？若斯翻亦應心淨佛土淨也，何得佛土穢惡？
若斯翻覆生疑未敢問者，或可自鄙，或恐失儀，或知覆生疑未敢問者，或可自鄙，或恐失儀，或知如來懸鑑自當知時，故未問也。「佛知其意」如來懸鑑自當知時，故未問也。「佛知其意」下，三、佛釋疑。文為三：一佛以日月問、二身子下，三、佛釋疑。
文為三：一佛以日月問、二身子事答、三佛合譬解釋。初文者，日月譬於真應事答、三佛合譬解釋。初文者，日月譬於真應淨土。如日月宮眾寶所成，照四天下。彼中有淨土。
如日月宮眾寶所成，照四天下。彼中有諸天子，譬真應二土為萬德所成常照四土，諸天子，譬真應二土為萬德所成常照四土，一切眾生真應法身之所依也。又譬真緣二一切眾生真應法身之所依也。
又譬真緣二修，如日月相須則成就萬物、照顯一切。真緣修，如日月相須則成就萬物、照顯一切。真緣亦爾，互相成顯。以真緣合故常自顯照四種亦爾，互相成顯。
以真緣合故常自顯照四種淨土，而於盲者所不能見。為二緣集罪障，障淨土，而於盲者所不能見。為二緣集罪障，障於五眼故也。是故舉日月為喻以問身子。於五眼故也。
是故舉日月為喻以問身子。「對曰至非日月咎」，二、身子依事奉答。「舍利弗「對曰至非日月咎」，二、身子依事奉答。
「舍利弗至而汝不見」，三、合日月譬釋身子疑。「眾生罪至而汝不見」，三、合日月譬釋身子疑。「眾生罪故不見佛國嚴淨」者，先合盲者，眾生界內緣故不見佛國嚴淨」者，先合盲者，眾生界內緣集濁惡障重，是故不見同居淨土。以界內罪集濁惡障重，是故不見同居淨土。
以界內罪
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